交通工程系负责交通工程国家特色专业和交通运输规划与管理国家重点学科的建设，拥有国家道路交通管理工程技术研究中心东南大学分中心、江苏省城市智能交通重点实验室、现代城市交通技术协同创新中心等一批学术平台，在系内实现交通工程教学科研、社会服务和学科建设的一体化。拥有的专任教师全部具有博士学位，形成了一支以国家教学名师、******、国家杰青等高层次人才为带头人的高水准学术梯队，先后入选国家级教学创新团队、教育部创新团队、江苏省优秀学科梯队、江苏省双创团队等。
交通工程专业是我国最早成立的同类专业之一，以立德树人为根本任务，服务于交通强国建设，致力于培养具备“宽广专业基础、优良综合素质、卓越创新能力”的交通规划、设计、建设、管理等方面的领军人才。毕业学生综合实力被多个第三方机构评定为全国第一。该专业与“互联网 ”、大数据、人工智能等新技术紧密结合，推进智能网联交通发展，具有鲜明的新工科特征。
交通工程系紧密结合国家重大需求，重点解决现代化道路交通规划、建设与管理的关键技术问题，在城市交通规划与管理、多模式交通系统平衡、智能网联交通等方面处于国际先进、国内领先地位。
近些年，承担了 100 余项国家级和省部级科研项目以及一大批工程应用项目，共获国家科技进步奖 5 项、省部级科技进步奖 30 多项；自主开发的“交运之星——transtar”打破国外交通仿真软件的垄断局面，已应用于国内外 200 多家单位。长期担任国家城市交通“畅通工程”专家组组长单位，连续五届牵头主持国家自然科学基金委员会交通工程学科发展战略研究，连续三届担任国务院学位委员会交通运输工程学科评议组召集人所在单位。
展望未来，交通工程系将继续坚持“一流学科建设＝一流师资队伍＋一流科学研究＋一流人才培养”的理念，继续坚持在高层次学科建设平台上的高水准队伍建设、高水平科学研究与高素质人才培养的一体化互动发展模式，支撑东南大学交通运输工程世界一流学科建设，引领国内同类学科专业发展。
